O tratamento com Pantozol pode, ocasionalmente, levar ao aparecimento de cefaléia ou diarréia. Náuseas, queixas abdominais, flatulência, erupções cutâneas, prurido e vertigem foram, raramente, observados. Em casos isolados, houve relato de formação de edema, febre, início de depressão ou distúrbios visuais (turvação visual). Pantozol não deve ser usado em casos de hipersensibilidade conhecida aos componentes da fórmula. Pantozol não deve ser administrado, em terapia combinada para erradicação do Helicobacter pylori, a pacientes com disfunção hepática ou renal moderada a grave, uma vez que não existe experiência clínica sobre a eficácia e a segurança da terapia combinada nesses pacientes. Pantozol não deve ser administrado em gestantes e lactantes, a menos que absolutamente necessário, uma vez que a experiência clínica sobre seu uso em mulheres nestas condições é limitada. Estudos de reprodução em animais demonstraram uma fetotoxicidade leve com doses acima de 5 mg/kg. Não existem informações sobre a excreção de pantoprazol no leite humano. Pantozol só deve ser utilizado quando o benefício para a mãe for considerado maior que o risco potencial ao feto ou à criança. Até o momento não há experiência do emprego de Pantozol em crianças.